Στη Β’ φάση του Κυπέλλου Ελλάδας 2015-16 θα συμμετάσχει ο Εργοτέλης, ο οποίος κληρώθηκε στον 2ο όμιλο της διοργάνωσης και θα αντιμετωπίσει κατά σειρά τις ομάδες: Ζάκυνθος (27-28-29/10/15, εκτός), Παναιτωλικός (1-2-3/12/15, εντός) και Πανιώνιος (15-16-17/12/15, εντός).
Στην επόμενη φάση του θεσμού, θα προκριθούν οι δύο πρώτες ομάδες των ομίλων, οι οποίες θα σχηματίσουν δύο γκρουπ δυναμικότητας. Στο πρώτο γκρουπ θα συμπεριληφθούν οι ομάδες που τερμάτισαν επικεφαλής στον όμιλό τους και στο δεύτερο εκείνες που τερμάτισαν στη δεύτερη θέση. Οι ομάδες από το πρώτο γκρουπ θα κληρωθούν με τις ομάδες του δεύτερου και μεταξύ τους θα αγωνιστούν εντός και εκτός έδρας. Ο πρώτοι αγώνες της Γ’ φάσης θα διεξαχθούν στην έδρα των ομάδων του δεύτερου γκρουπ δυναμικότητας.